排污许可证的交易程序主要包括以下几个步骤。
(1)初始排污权分配
初始排污权分配有无偿分配和有偿分配两种方式，目前国内
外主要以无偿分配为主。如确定二氧化硫的排污权时，可以用燃烧单位燃料产生的二氧化硫乘以每个污染源在一定期限内年平均燃料消耗量，以此核定每个污染源无偿分配的排污指标。
(2)申请
指排污许可证交易的出让方与购买方向环保部门提出排污许可证交易的申请。
(3)审核
排污许可证交易必需经环保部门审核后方可进行。环保部门对排污许可证交易的审核主要包括以下几方面的内容。
①对排污许可证出让方的审核 主要审查出让方是否有富余的排污许可证指标。富余的排污许可证指标是指通过污染治理、清洁生产、产品和产业结构调整等措施获得的，它必须是持久的、可定量的、可实施的。
②对排污许可证购买方的审核 主要审查购买方是否具备购买排污许可证指标的条件。一般说来，排污许可证购买方应符合国家产业政策和环境保护法律、政策的要求，否则，环保部门不能同意其购买排污许可证指标。
③对交易双方的审核一是在总量控制的前提下，防止空气检测污染物排污许可证指标过分集中于城市的某一局部地区，从而造成某一局部地区的污染严重。二是对交易量的审核。若交易双方在同一功能区，一般可进行等量交易；若交易双方不在同一功能区，则需按排污交易系数核算交易后的排污许可证指标。
(4)协商
提出排污许可证交易申请，出让方与购买方就排污许可证交易的交易数量、交易价格、交易时间等具体内容进行协商，以达成排污许可证交易协议。必要时，还需环保部门参与协商，环保部门可向交易双方提供有关排污许可证指标的供求信息、污染治理技术及成本信息等，供交易双方参考。
(5)发证
交易双方就排污许可证指标交易的数量、价格等事项达成初步协议后，还需经环保部门审查合格后发放排污权交易证。
